Мир шиноби снова оказался на грани уничтожения. Из четырех могущественных стран пропало по одному воину-шиноби, которые имели в своей ДНК улучшенный геном. Только страна Огня и деревня Скрытого Листа не пострадала, но всем было понятно, что они на очереди. Неожиданно миру явился некий человек, который назвал себя Хирока. Он заявил, что является выходцем из деревни Скрытого Листа, которую покинул ради изучения запрещенной техники поглощения генома. Если он добудет все пять образцов, то станет бессмертным и неуязвимым. Более того, Хирока сказал, что начинает новую войну шиноби, которая должна положить конец устоявшемуся мировому порядку.
Коноха оказалась на грани войны. Против Наруто и его друзей ополчились все другие страны, которые считали, что именно Скрытый Лист виновен в случившемся. А тут еще выяснилось, что обладателем пятого улучшенного генома является Какаши, и он решил пожертвовать собой ради того, чтобы остановить Хироку. Какаши добровольно подчинился технике врага и покинул родной дом, а Хокаге приказала не следовать за ним. Но разве запреты когда-то останавливали неумного Наруто? Он готов рискнуть всем ради спасения своего учителя и всех дорогих людей. Он положит конец этому хаосу, и никакой бессмертный противник его не остановит.
